Thủ tục thẩm định dự thảo thông tư của các cơ quan tham mưu quản lý nhà nước thuộc Bộ (trừ Vụ Pháp chế)
Thủ tục cho phép chấm dứt hiệu lực, rút khỏi, tạm đình chỉ thực hiện thỏa thuận quốc tế nhân danh cơ quan cấp Cục
Thủ tục công bố hạn chế giao thông đường thủy nội địa trong trường hợp bảo đảm an ninh quốc phòng trên đường thủy nội địa quốc gia - cấp Bộ
Thủ tục phê duyệt phương án vận tải hàng hóa siêu trường hoặc hàng hóa siêu trọng trên đường thủy nội địa - cấp Bộ
Thủ tục cho ý kiến trong giai đoạn lập dự án đầu tư xây dựng công trình bảo đảm an ninh, quốc phòng trên đường thủy nội địa quốc gia - cấp Bộ
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn, phục hồi Quyết định công nhận lưu hành giống cây trồng (bao gồm cả cây trồng biến đổi gen được nhập khẩu với mục đích khảo nghiệm để đăng ký cấp Quyết định công nhận lưu hành giống cây trồng) - cấp Trung ương
Thủ tục cấp phép xuất khẩu giống cây trồng và hạt lai của giống cây trồng chưa được cấp quyết định công nhận lưu hành hoặc tự công bố lưu hành và không thuộc Danh mục nguồn gen giống cây trồng cấm xuất khẩu phục vụ nghiên cứu, khảo nghiệm, quảng cáo, triển lãm, trao đổi quốc tế không vì mục đích thương mại - cấp Trung ương
