Thủ tục công bố đóng luồng, tuyến đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia; đường thủy nội địa chuyên dùng nằm trên địa giới hai tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trở lên hoặc đường thủy nội địa chuyên dùng nối đường thủy nội địa quốc gia với đường thủy nội địa địa phương - cấp Bộ
Thủ tục thẩm định dự thảo thông tư của các cơ quan tham mưu quản lý nhà nước thuộc Bộ (trừ Vụ Pháp chế)
Thủ tục cho phép chấm dứt hiệu lực, rút khỏi, tạm đình chỉ thực hiện thỏa thuận quốc tế nhân danh cơ quan cấp Cục
Thủ tục công bố hạn chế giao thông đường thủy nội địa trong trường hợp bảo đảm an ninh quốc phòng trên đường thủy nội địa quốc gia - cấp Bộ
Thủ tục phê duyệt phương án vận tải hàng hóa siêu trường hoặc hàng hóa siêu trọng trên đường thủy nội địa - cấp Bộ
Thủ tục cho ý kiến trong giai đoạn lập dự án đầu tư xây dựng công trình bảo đảm an ninh, quốc phòng trên đường thủy nội địa quốc gia - cấp Bộ
