Thủ tục kiểm soát thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc từ khai thác được vận chuyển bằng tàu công ten nơ nhập khẩu vào Việt Nam - cấp Trung ương
Thủ tục khai báo trước khi cập cảng đối với tàu vận chuyển thuỷ sản, sản phẩm thuỷ sản có nguồn gốc từ khai thác để nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn giấy phép hoạt động cho tổ chức, cá nhân nước ngoài có tàu hoạt động thuỷ sản trong vùng biển Việt Nam - cấp Trung ương
Thủ tục cấp văn bản chấp thuận cho tàu cá khai thác thủy sản ở vùng biển của quốc gia hoặc vùng lãnh thổ khác hoặc cấp phép cho tàu cá đi khai thác tại vùng biển thuộc thẩm quyền quản lý của Tổ chức quản lý nghề cá khu vực - cấp Trung ương
Thủ tục cấp phép xuất khẩu loài thuỷ sản có tên trong Danh mục loài thuỷ sản cấm xuất khẩu hoặc trong Danh mục loài thuỷ sản xuất khẩu có điều kiện nhưng không đáp ứng điều kiện vì mục đích nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất thức ăn thuỷ sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thuỷ sản (đối với nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài) - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản (đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản bố mẹ, đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng đồng thời giống thủy sản bố mẹ và giống thủy sản không phải là giống thủy sản bố mẹ) - cấp Trung ương
Thủ tục công bố mở, cho phép hoạt động tại vùng nước khác không thuộc vùng nước trên tuyến đường thủy nội địa, vùng nước cảng biển hoặc khu vực hàng hải, được đánh dấu, xác định vị trí bằng phao hoặc cờ hiệu có màu sắc dễ quan sát - cấp Địa phương
Thủ tục đóng, không cho phép hoạt động tại vùng nước khác không thuộc vùng nước trên tuyến đường thủy nội địa, vùng nước cảng biển hoặc khu vực hàng hải, được đánh dấu, xác định vị trí bằng phao hoặc cờ hiệu có màu sắc dễ quan sát - cấp Địa phương
