Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất thức ăn thuỷ sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thuỷ sản (trừ nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài) - cấp Tỉnh
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn giấy phép hoạt động cho tổ chức, cá nhân nước ngoài có tàu hoạt động thuỷ sản trong vùng biển Việt Nam - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất thức ăn thuỷ sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thuỷ sản (đối với nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài) - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản (đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản bố mẹ, đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng đồng thời giống thủy sản bố mẹ và giống thủy sản không phải là giống thủy sản bố mẹ) - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn giấy phép nuôi trồng thuỷ sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam (đối với khu vực biển ngoài 06 hải lý, khu vực biển giáp ranh giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, khu vực biển nằm đồng thời trong và ngoài 06 hải lý) - cấp Tỉnh
Thủ tục cấp, cấp lại giấy phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp phải đánh giá rủi ro - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp không phải đánh giá rủi ro - cấp Trung ương