Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản (đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản bố mẹ, đối với cơ sở sản xuất, ương dưỡng đồng thời giống thủy sản bố mẹ và giống thủy sản không phải là giống thủy sản bố mẹ) - cấp Trung ương
Thủ tục cấp văn bản chấp thuận khai thác loài thuỷ sản nguy cấp, quý, hiếm (để mục đích bảo tồn, nghiên cứu khoa học, nghiên cứu tạo nguồn giống ban đầu hoặc để hợp tác quốc tế) - cấp Tỉnh
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn giấy phép nuôi trồng thuỷ sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam (đối với khu vực biển ngoài 06 hải lý, khu vực biển giáp ranh giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, khu vực biển nằm đồng thời trong và ngoài 06 hải lý) - cấp Tỉnh
Thủ tục cấp, cấp lại giấy phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp phải đánh giá rủi ro - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp không phải đánh giá rủi ro - cấp Trung ương
Thủ tục cấp, cấp lại, gia hạn, phục hồi Quyết định công nhận lưu hành giống cây trồng (bao gồm cả cây trồng biến đổi gen được nhập khẩu với mục đích khảo nghiệm để đăng ký cấp Quyết định công nhận lưu hành giống cây trồng) - cấp Trung ương
